当サイトにそれぞれ説明していますので、そちらをご覧ください。
たとえば3ページ目から1ページからのページ番号を付けたい場合、まず、セクションの区切りをします。
2ページ目の末尾にカーソルを移動させ、[挿入]→[改行]をクリックします。
セクション区切りの「現在の位置から開始」を選んでOKボタンをクリックします。

2セクション目のところにカーソルを移動させ、[表示]→[ヘッダーとフッター]をクリックします。
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フッター内にカーソルを移動させて、ヘッダーとフッターツールバーの
(前と同じ)ボタンをクリックして解除します。
[挿入]→[ページ番号]をクリックします。

右下の[書式]ボタンをクリックします。
連続番号を選択して、「1」にしてOKボタンをクリックします。

ページ数の書式を「001」「002」…という感じで3桁表記にするには、ちょっとコツがいります。とりあえず、総ページ数の書式を000にして挿入してから、力技で「総ページ数」を「ページ番号」にする、という裏技を使います。
{PAGE \# "000" \* MERGEFORMAT}