Expression WebでWebページを一から作成する場合や、手動で編集して保存する場合では問題ありません。しかし、以下の条件をすべて満たした場合にこの問題が発生する場合があります。
以下のいずれかのアクションを起こした場合に発生します。
20000~25000文字目の範囲内で、その地点がたまたま2バイト文字の場合、です。
もし、その文字化け地点が半角英数だったり、タグ部分だったり、改行コードだったり半角スペースだったりすると、この影響を受けることはありません。
Expression Web 3の最新のサービスパックを適用します。SP1を適用することでこの問題が修正されます。
シフトJIS形式であれば、文字化けの確認がされていないので、シフトJISに変更するか、ちょっと現実的ではありませんが、ファイルサイズ20KB以内に収めることです。ファイルサイズが小さい場合、文字化けの影響を受けることはありません。
応急処置として文字化け部分を修正する場合は、以下の手順で行うとすんなりいく可能性が高いです。以下の方法でダメだったら、メモ帳とかで修正してください。

この問題はマイクロソフトでExpression Webの問題として認識しており、Expression Web 3 SP1で修正されました。詳しくは以下のMicrosoft Connectサイトのページを参照してください。
https://connect.microsoft.com/Expression/feedback/ViewFeedback.aspx?FeedbackID=363202